乙公司向甲公司采购了一批货物，双方签订的合同中约定由甲公司代办运输，运费由乙公司承担。

甲公司与某物流公司签订运输合同，将该批货物发往乙公司，合同约定运费18000元，支付方式为到付。

后物流公司按约将该批货运送至乙公司所在地，并交付给了乙公司。但是，甲、乙公司因货款支付问题发生纠纷，均拒绝向物流公司支付运费。无奈之下，物流公司向法院起诉，要求甲、乙公司共同支付运费18000元。

法院经审理后认为，甲公司与物流公司之间的货物运输合同依法成立并生效，双方应当按照合同约定履行各自的义务。物流公司作为承运人应当在约定期间或合理期间内将货物安全运输到约定的地点，并予以交付，托运人或者收货人应支付物流公司相应的运费。

因甲公司与物流公司约定运费的支付方式为“到付”，物流公司作为托运人亦明确表示根据行业惯例，“到付”指的是由收货人支付运费，即甲公司与物流公司的运输合同约定由收货人即乙公司向托运人支付运费，但本案中，乙公司明确拒绝支付运费。

根据《中华人民共和国合同法》第六十五条以及《中华人民共和国民法典》第五百二十三条的规定，当事人约定由第三人向债权人履行债务，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。故应由甲公司向物流公司支付运费18000元，而甲公司则可根据与乙公司在购销合同中就运费的约定，向乙公司另行主张该费用。

最终，法院判决甲公司支付物流公司运费18000元，驳回物流公司的其他诉讼请求。

合同具有相对性，约束当事人双方。虽然合同双方可以在合同中为第三人设定履行义务，但如第三人拒不履行该义务，仍应由债务人来继续履行义务或承担违约责任。

本案中，货物运输合同的双方为托运人甲公司和承运人物流公司，收货人为乙公司。约定“到付”的情况下，虽然按照行业惯例是运费由收货人承担的，但在收货人拒绝支付运费时，物流公司应根据货物运输合同向托运人主张。